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Nintendo has confirmed that there is a serious bug in the latest games Pokémon X and Pokémon Y and has issued a press release regarding the issue. They currently recommend that players do not save their game in the areas of Lumiose City that are marked with the blue gradient on the map below. Nintendo apologized for the bug and indicated that they are working hard to fix the problem and that a patch will be posted on the Nintendo eShop soon. Saving in these areas can cause an irreversible corruption of the players save data and requires players the game all again from the beginning.

Press Release - 任天堂株式会社 | ニンテンドー3DS専用ソフト『ポケットモンスター Ｘ・Ｙ』ミアレシティでのレポートについてのお願い

いつも『ポケットモンスター』シリーズをお楽しみいただきまして誠にありがとうございます。2013年10月12日発売のニンテンドー3DS専用ソフト『ポケットモンスター Ｘ・Ｙ』に関しまして、ゲームデータのレポートを書く場所によっては、まれにゲームを再開した時に操作ができなくなってしまう症状が発生することが判明いたしました。つきましては、その症状を回避しながらプレイしていただける方法をご案内いたします。ご利用の皆様にはご不便をおかけいたしますが、下記にご留意いただきますようお願い申し上げます。なお、すでに症状が発生してしまったお客様向けに、修正プログラムを準備中です。こちらは準備が整い次第ご案内いたします。

発生する症状: ミアレシティの一部の場所（下図参照）でレポートを書いてゲームを終了すると、まれにゲームを再開したときに操作ができなくなってしまうことがあります。

症状の回避方法: 以下の青色で示したエリアではレポートを書かないようお願いいたします。なお、ミアレシティでも、ポケモンセンターなどの建物の中ではレポートを書いても問題ありません。

症状が発生した場合の対処について: お客様のレポートを修復するための「修正プログラム」を近日中に『ニンテンドーeショップ』より配信させていただく準備を進めています。準備ができ次第、改めてお知らせいたしますので、今しばらくお待ちいただきますようお願いいたします。

Source: http://www.nintendo.co.jp/3ds/ekjj/info/index.html

HAHAHAHAHAHA fail. X3

As games get more complex there is bound to be more bugs that made it past quality checking. Thankfully Nintendo has reached the point where they'll do patches.

This isn't anything new either. Both RS, DP, BW and B2W2 at least had similar nasty bugs, and the reason you aren't aware of most of them is because they were discovered and patched before any non-Japanese versions of the game were released, so the glitch as already fixed when the games were released elsewhere.
This glitch just SEEMS like something new because it made its way into every copy of the game due to the worldwide release, so it got way more non-Japanese press.